基本案情：

随着《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》的发布，2007年1月某市地税稽查局接到群众举报：某房地产开发公司于2005年12月10日将位于繁华地段的一幢2000平方米待售的办公大楼以每平方米2000元的价格对外销售，获得销售收入4000万元。企业只按5%申报缴纳营业税200万元，城市维护建设税14万元，教育费附加6万元，印花税2万元。举报者认为该房地产开发公司未交土地增值税，偷税300多万元，要求对该公司进行检查。

案件处理：

接到群众举报后，稽查局按照规定程序经过检查核实，公司为建造这幢办公大楼支付地价款800万元，房地产开发成本1200万元，房地产开发费用由于未对具体楼盘进行明细核算，难以划分。稽查局按规定程序查补了土地增值税，并处以一倍的罚款，处理如下：扣除项目：(800+1200)×[1+(10%+20%)]+220=2820(万元)增值额：4000-2820=1180(万元)增值额与扣除项目额比例：(1180÷2820)×100%=41.84%应交土地增值税税额：1180×30%=354(万元)同时，按规定加收了滞纳金。罚款一倍，计354万元，并移送公安部门追究相应的法律责任。

法理分析：

根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第六条的规定，计算增值额的扣除项目：(一)取得土地使用权所支付的金额;(二)开发土地的成本、费用;(三)新建房及配套设施的成本、费用，或者旧房建筑物的评估价格;(四)与转让房地产有关的税金;(五)财政部规定的其他扣除项目。

《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第七条第(三)项规定，开发土地和新建房及配套设施的费用(以下简称房地产开发费用)，是指与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用。财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，按本条(一)、(二)项规定计算的金额之和的百分之五以内计算扣除。凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按本条(一)、(二)项规定计算的金额之和的10%以内计算扣除。

第七条第(六)项又规定，根据条例第六条第(五)项规定，对从事房地产开发的纳税人可按本条(一)、(二)项规定计算的金额之和，加计20%的扣除。《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第四条规定，纳税人转让房地产所取得的收入减除本条例第六条规定扣除项目金额后的余额，为增值额。《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第十条第一项规定，增值额未超过扣除项目金额50%，土地增值税税额=增值额×30%.《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字咱1995暂048号)第九条关于计算增值额时扣除已缴纳印花税的问题的规定，细则中规定允许扣除的印花税，是指在转让房地产时缴纳的印花税。房地产开发企业按照《施工、房地产开发企业财务制度》的有关规定，其缴纳的印花税列入管理费用，已相应予以扣除。其他的土地增值税纳税义务人在计算土地增值税时允许扣除在转让时缴纳的印花税。